厦门海关直属中华人民共和国海关总署,属于厅局级机构。管辖范围包括厦门、漳州、泉州和龙岩4市,总面积4.42万平方公里,海岸线长1474公里。1949年10月17日,厦门解放。
22日,厦门市军事管制委员会派军事代表正式接管厦门关,开始了厦门口岸人民海关的历史新阶段。1984年7月,厦门海关由正处级机构调整为厅局级机构。厦门海关现辖副厅级机构2个:泉州海关,厦门海关缉私局;辖正处级机构24个:东渡海关、厦门高崎机场海关、海沧海关、漳州海关、东山海关、龙岩海关等;辖派驻机构6个:驻翔安办事处、驻高崎办事处、驻同安办事处、驻邮局办事处等;辖事业单位3个:海关学会等。2015年08月17日,厦门海关首创APP移动支付缴税。
2019年9月4日,根据海关总署党委研究决定,郑巨刚任厦门海关关长、党组书记。