巴音郭楞蒙古自治州人民政府是巴音郭楞蒙古自治州人民代表大会的执行机关,是巴音郭楞蒙古自治州的国家行政机关,对巴音郭楞蒙古自治州人民代表大会及其常务委员会和新疆维吾尔自治区人民政府负责并报告工作,接受中国共产党巴音郭楞蒙古自治州委员会的领导。