山东航空股份有限公司由成立于1999年12月13日,其前身系成立于1994年山东航空有限责任公司。山东航空股份有限公司由山东航空集团有限公司、浪潮集团有限公司、山东华鲁集团有限公司、山东省水产企业集团总公司和鲁银投资集团股份有限公司发起重组而成。山东航空集团有限公司将航空客货运输业务折股投入山东航空股份有限公司。2000年8月向中国境外投资人发行境内上市外资股(深圳证券交易所证券简称:山航B)。
2004年山东航空集团有限公司与中国航空集团公司通过股权转让,中国国际航空股份有限公司同时持有山东航空集团有限公司(山航集团第一大股东)、山东航空股份有限公司的股权,成为山东航空股份有限公司实际控制人。