1950年10月，福建成立省人民法院。1952年2月，福建省人民法院正式改称为福建省高级人民法院。截至2014年11月，福建高院有内设部门27个。9个设区市设中级人民法院9个，厦门海事法院1个，福州铁路运输法院1个，各县（市、区）设基层法院84个，人民法庭208个，厦门海事法院有3个派出法庭。
2017年11月，获评第五届全国文明单位。
2019年7月23日，第六届“政法系统新媒体应用案例”推选活动获奖名单揭晓，福建省高级人民法院获得全国法院系统“最具影响力新媒体奖”。
