重庆市巴南区人民政府是重庆市巴南区人民代表大会的执行机关,是重庆市巴南区的一级国家行政机关;对巴南区人民代表大会和重庆市人民政府负责;在巴南区人民代表大会闭幕期间,对巴南区人民代表大会常务委员会负责并报告工作。
重庆市巴南区人民政府分别由区长、副区长和局长、委员会主任等组成。每届任期五年,实行区长负责制。