内蒙古自治区巴彦淖尔市人民政府是一级国家行政机关,是巴彦淖尔市人民代表大会的执行机关,对巴彦淖尔市人民代表大会和内蒙古自治区人民政府负责并报告工作,在巴彦淖尔市人民代表大会闭幕期间,向巴彦淖尔市人民代表大会常务委员会负责并报告工作。
1956年,甘肃省所辖巴音浩特蒙古自治州和额济纳自治州划回内蒙古自治区,成立巴彦淖尔盟,盟政府驻巴彦浩特市。1958年,河套行政区、巴彦淖尔盟合并,成立新的巴彦淖尔盟。1984年12月,临河县改设为临河市(县级)。2003年12月1日,国务院批准撤消巴彦淖尔盟和县级临河市,设立巴彦淖尔市和临河区。巴彦淖尔市人民政府驻临河区,巴彦淖尔市辖杭锦后旗、乌拉特后旗、乌拉特中旗、乌拉特前旗、五原县、磴口县和临河区。