北京市门头沟区人民政府是北京市门头沟区人民代表大会的执行机关,是北京市门头沟区的一级国家行政机关;对门头沟区人民代表大会和北京市人民政府负责;在门头沟区人民代表大会闭幕期间,对门头沟区人民代表大会常务委员会负责并报告工作。
北京市门头沟区人民政府分别由区长、副区长和局长、委员会主任等组成。每届任期五年,实行区长负责制。