福建省海洋与渔业局是根据《福建省机构改革方案》(以下简称《方案》),福建省委办公厅、省政府办公厅印发《福建省省级机构改革实施方案》(以下简称《实施方案》)组建。
2018年10月26日,福建省海洋与渔业局正式挂牌成立。