安徽省烟草专卖局(公司)前身是1980年8月成立的安徽省烟草工业公司,1983年更名为安徽省烟草公司。1984年5月,安徽省烟草专卖局成立,与安徽省烟草公司合署办公。2003年4月,根据国家烟草专卖局关于体制改革的总体部署和要求,安徽烟草率先实行工商管理体制改革,安徽省烟草专卖局(公司)与安徽中烟工业公司工商分设。
2017年11月17日,获第五届全国文明单位称号。